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Medizinische Fakultät - Jahrgang 2007

 

Titel Detektion bakterieller und mykotischer DNA in Patientenblut mittels einer automatisierten DNA-Präparation
Autor Dominik Bös
Publikationsform Dissertation
Zusammenfassung In dieser Arbeit wurde die Anwendbarkeit einer automatisierten DNA-Präparation zum Nachweis bakterieller und mykotischer DNA bei septischen Patienten und oder Patienten mit Verdacht auf Bakteriämie untersucht.
Die DNA-Extraktion erfolgte mit Hilfe des MagNA Pure LC ™ (Roche Diagnostics), einem vollautomatischen Extraktionsautomaten der die automatische Isolierung von DNA aus bis zu 32 Proben parallel innerhalb von ca. zwei Stunden ermöglicht. Im Anschluss an die DNA Extraktion erfolgt der Nachweis erregerspezifischer DNA mittels Pplymerasekettenreaktion (PCR) mit dem Light Cycler ™ (Roche Diagnostics) und anschließender Schmelzkurvenanalyse. Diese automatisierte DNA-Extraktion wurde mit der „klassischen“ mikrobiologischen Nachweismethode, der Blutkultur, verglichen.
In einem Zeitraum von einem Jahr wurden Proben von 89 Patienten mit Fieberanstieg oder Verdacht auf Bakteriämie auf der Chirurgischen und der Anästhesiologischen Intensivstation der Universitätsklinik Bonn gesammelt. Insgesamt wurden 101 Proben untersucht. Zunächst erfolgte die allgemeine Aufteilung in eine positiv befundete Gruppe: 15 Proben und eine negativ Gruppe: 86 Proben. In einem zweiten Schritt wurde die positiv befundete Gruppe an Hand der Nachweismethode in eine Mibi+- und eine PCR+-Gruppe unterteilt. Mit Hilfe der Mikrobiologie erfolgte 11 mal ein positiver Befund, mittels automatisierter Präparation konnte 4 mal ein positiver Befund erbracht werden.
Es wurde untersucht ob ein signifikanter Unterschied zwischen diesen beiden Gruppen besteht bezüglich der Parameter: Alter, Geschlecht, physiologischer Parameter, Score-Systemen, antibiotischer und antimykotischer Therapie. Bei einem festgesetzten Signifikanzniveau von p < 0,05 konnten jedoch keine signifikanten Unterschiede gefunden werden. Ein Grund für die geringe Anzahl positiver Proben in der PCR-Gruppe mag das geringe in dieser Arbeit verwandte Probevolumen von 100 µl sein.
Ein großer Vorteil des Erregernachweis mittels automatisierter DNA-Extraktion und anschließender PCR ist die Schnelligkeit der Methode, erste Ergebnisse stehen bereits nach 3-4 Stunden zur Verfügung, die komplette Untersuchung dauert 1-2 Tage. Der MagNA Pure LC ™ ist zudem ein geschlossenes System, so dass die Gefahr einer Kontamination der zu untersuchenden Proben auf ein Minimum reduziert wird, so waren allen in dieser Arbeit bei der automatisierten DNA-Präparation und anschließenden PCR mitgeführten Negativkontrollen negativ.
Eine zu geringe DNA Menge im Probenmaterial die auch nach Amplifikation nicht ausreicht, ein eindeutiges Signal zu erzeugen, kann jedoch zu falsch negativen Ergebnissen führen. Ebenso sind Erreger-Varianten problematisch, die auf Grund von veränderten Nukleotidsequenzen eine Amplifikation mit den eingesetzten Primern nicht zulassen.
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© Universitäts- und Landesbibliothek Bonn | Veröffentlicht: 2007